Отличительной особенностью Opera 16 является стартовая страница, которая содержит 3 раздела: «Экспресс-Панель», «Копилка» и «Рекомендации». Новая «Экспресс-Панель» может содержать не только отдельные сайты для быстрого доступа к ним, но и целые группы в виде папок, включающих несколько сайтов. «Копилка» позволяет сохранять ссылки на посещенные сайты с целью вернуться к их просмотру позже. «Рекомендации» — это страница с бесконечным потоком новостей из разных источников, по сути, агрегатор новостных ресурсов (новости можно фильтровать по тематике и языку). 

Opera 16 не имеет классической системы закладок. Традиционную систему закладок призвана заменить возможность группировки ссылок «Экспресс-панелью» и функция «Копилка», однако это удобно лишь в случаях, если у пользователя пара десятков закладок, а вот работать с накопленной годами и рассортированной по папкам коллекцией в несколько сотен закладок становиться просто невозможно. 

Технология сжатия трафика «Opera Turbo» переименована в «Opera Off-Road» (в русской версии просто «Режим сжатия») и теперь поддерживает протокол SPDY для еще большего ускорения загрузки веб-страниц при плохом интернет-соединении. Никаких индикаторов активности не предусмотрено, однако, возможно, это временно и в будущих версиях будет доработано. 

Еще одним важным изменением является отделение почтового клиента Opera Mail от дистрибутива Opera. Теперь Opera Mail распространяется в виде отдельной программы. Это сделано с целью экономии ресурсов компьютера и уменьшения размера дистрибутива, который и так весит немало.